建学の精神「病気を診ずして病人を診よ」に基づく研究、教育、医療を推進できる高度な能力を涵養し、医学・看護学研究の振興、医療の実践を通して人類の健康と福祉の向上に貢献することが本学大学院の使命である。

医学系専攻は、本学大学院の目的・使命に基づいた臨床医学、基礎医学、社会医学における優れた研究者の養成を主眼とし、自立して研究活動を行うために必要な高度の医学的力量と医学研究者として必要な人間的力量、それに加えて医学の研究・教育・社会貢献に求められる多様な指導力を身に付け、その基礎となる豊かな学識を深めることを目的とする。

評価の高い国際雑誌に論文を発表するなど、優れた研究業績を上げた者については、申請に基づ いて大学院委員会が審議し、修業年限を3年間にすることができます。

共通カリキュラムは社会人大学院生が履修できるよう、必修科目は平日18時から開講、選択科目は1科目3～4日間程度で単位取得できる等の便宜を図っています。

各機関の職員が連携大学院教授となり授業細目を担当します。社会人大学院生として入学すると就業しながら履修することができます。なお、学位論文の審査は東京慈恵会医科大学で行います。

MD-PhDコースは卒前教育と大学院教育の連携による研究者育成プログラムです。東京慈恵会医科大学医学部医学科におけるユニット「医学研究」で所定の単位を取得し、大学院医学研究科 医学系専攻に進学した者は標準修業年限が3年間に短縮されます。また、卒前に大学院の共通カ リキュラムを受講することができ、大学院進学後、これを単位として認定します。さらに、基礎医学または社会医学の授業細目に進学した者は学費の免除、奨学金の交付、研究費の優先交付等の優遇措置もあります。

本学教員（助教・レジデント（専攻医））が就学休職することなく、社会人大学院生として本学大学院（医学系専攻）に入学できるコースです。入試については、社会人入試と同等となり、入学後は、通常の社会人大学院生と同様の履修・運用となります。ただし、入学前に講座所属長と勤務調整を図り、所属長の了承を得ることが必要となり、また、授業細目の指導教員は限定されています。

修業年限は4年とします。但し、3年以内に修了の要件を満たした場合については、申請に基づいて大学院委員会が審議し、修業年限を3年間にすることがあります。

共通および選択カリキュラム（講義・演習・実習）による授業を選択、履修し、単位を取得します。修了に必要な単位数は、共通カリキュラムで8単位 以上（必修科目4単位含）、選択カリキュラム22単位以上、計30単位以上とします。