東京慈恵会医科大学は、大正10年（1921）に財団法人東京慈恵会医科大学を設置し、昭和26年（1951）に学校法人慈恵大学と改めた。正式には学校法人慈恵大学・東京慈恵会医科大学と呼ばれる。学校法人慈恵大学が関与する事業には、東京慈恵会医科大学医学部医学科、同看護学科、東京慈恵会医科大学大学院医学研究科、慈恵第三看護専門学校、慈恵柏看護専門学校および4つの大学附属病院があり、それらが一体となって教育、研究、診療に寄与している。

2023年5月1日現在、3,295名の教員（非常勤含む）および4,776名の職員がこの事業に従事しており、教職員総数は8,071名である。

なお、2023年5月1日現在の学生数は以下の通りである。

＊慈恵看護専門学校は公益社団法人東京慈恵会が運営している。