医学系専攻博士課程では、ディプロマポリシーを達成するために共通カリキュラムと選択カリキュラムを実施します。両者を合わせて合計30 単位以上を履修することが修了要件となります。
1. 共通カリキュラムは、必修科目と選択科目から編成されています。必修科目は全員が履修する必要があり、自立した研究活動と論文作成の基本的能力、医学研究者として必要な倫理、医学教育に求められる指導力、およびその基礎となる豊かな学識を養います。選択科目では、各大学院生の研究テーマに応じて必要な研究方法を学びます。共通カリキュラムでは必修科目4単位以上を含む8単位以上の取得が必要となります。
2. 選択カリキュラムは、各大学院生の専門的分野の講義・実習および、研究テーマに応じた個別の指導が行われます。研究テーマにふさわしい研究指導者の下に配属され、専門領域の研究に関する知識と技術を修得するとともに、指導を受けながら研究に従事し学位論文を作成します。大学院生は、研究指導者が担当する各授業細目に派遣されます。研究課題によっては、別の授業細目、総合医科学研究センターまたは国内外の学外研究施設に再派遣されることもできます。選択カリキュラムの履修状況は年度毎に提出する研究報告書によって、大学院委員会（医学系専攻）が確認します。
3. カリキュラムは大学院生による授業評価および教職員の意見をもとに、継続的に大学院委員会（医学系専攻）で検討し、改善を図ります。
≪医学系専攻博士課程教育の特徴≫
1. 標準修業年限の短縮
3年以内に修了の要件を満たした場合については、申請に基づいて大学院委員会（医学系専攻）が審議し、修業年限を3年間にすることがあります。
2. 社会人大学院生への対応
共通カリキュラムは社会人大学院生が履修できるよう、必修科目は平日18時から開講、選択科目は1 科目3 〜 4 日間程度で単位取得できる等の便宜を図っています。
3. 国立がん研究センターとの連携大学院
国立がん研究センターの職員が連携大学院教授となり授業細目を担当します。社会人大学院生として入学すると就業しながら履修することができます。なお、学位論文の審査は東京慈恵会医科大学で行います。
4. MD-PhDコース
MD-PhDコースは卒前教育と大学院教育の連携による研究者育成プログラムです。東京慈恵会医科大学医学部医学科におけるユニット「医学研究」で所定の単位を取得し、大学院医学研究科医学系専攻に進学した者は標準修業年限が3年間に短縮されます。また、卒前に大学院医学研究科医学系専攻共通カリキュラムの一部を受講することができ、進学後にはこれを単位として認定します。さらに、基礎医学または社会医学の授業細目に進学した者は学費の免除、奨学金の交付、研究費の優先交付等の優遇措置もあります。
