慈恵医大病院の母子健康医療センターは東京都が認定した「地域周産期母子医療センター」です。

中核を成す専門部門の1つが「産科、生殖・内分泌系」です。これは外来部門と病棟部門とで構成されています。 各々の専門外来の診療内容は別項に詳しく述べられますが、診療部門としては、以下の3つに大きく分けられます。

1. 妊婦さんと赤ちゃんを診療する部門
   対応部門：産科外来、胎児診断外来、助産師外来
2. 不妊症、あるいは流産を繰り返す不育症の患者さんを診療する部門
   対応部門：女性および男性不妊症外来、不育症外来
3. 思春期年齢周辺の月経異常、あるいはその関連疾患をもっている患者さんを診療する部門
   対応部門：思春期・内分泌外来

病棟部門は外来部門と直結しており、妊婦さんと赤ちゃんを管理する産科病棟（3階）、不妊症関連の手術患者さんなどを管理する婦人科病棟（5階）があります。入院された妊婦さんあるいは患者さんの診療については、原則的には病棟医が全員で担当しますが（グループ診療）、外来の担当医が引き続き主治医となります。 なお、外来と病棟のすべての診療部門は、当院に所属している医師あるいは助産師・看護師が担当しています。